「新藥開發研究中心」成立於2016年8月，並於2018年01月起獲得教育部高等教育深耕計畫第二部分特色領域研究中心計畫，中心之目標為「找尋藥物標靶、進行新藥開發、強化專利布局及連結產業技轉」，與本校之中長程目標：目標三、促進多元發展、培育高階人才；目標四、聚焦研究，解決重大醫學難題；目標六、建立國際一流中、西醫學中心；目標七、深耕產官學研合作，建構生醫園區，相互呼應。

推動目標有:

人才培育面向：配合教育部高教深耕計畫及本校於「培育高階研發人才以及國外優秀人才延攬」、「碩博士生培育」、「延攬海外新銳菁英」及「英才青年學者」等計畫，並依照「新藥開發研究中心」延攬各領域之學者形成跨學院整合的教授團隊，藉以提升優秀年輕學者們領導及參與研發之能力。訓練博士生及博士後學者，從做中學，一對一之教學，以務實研發導向之培育模式，引導產業精神。

學術表現面向：以本校分子醫學中心、免疫研究中心，腫瘤醫學中心、整合幹細胞中心等校級研究中心長期在相關領域的耕耘及現有傑出成果之經驗為根基，以各類新藥相關之學術領域為範疇。引領中醫大成為世界新藥開發研究之重鎮。

國際合作交流面向：成立國際研究中心，延攬國外高階研發人才∕學者到中心交流，鼓勵成員參與國際學術活動及強化國際研究合作。具體做法是與「新加坡國立大學癌症科學中心」標竿中心在內的國際知名大學研究中心合作，定期舉辦雙邊學術研討會、學者互訪、國際合作研究案例等，實現國際競逐，提升國際知名度。

社會貢獻面向：藉由強化疾病致病機轉之基礎研究、轉譯醫學及臨床應用及推動新藥研發之現代化與科學化，以培育新藥研發人才，改善國內生技產業就業問題，並解決未滿足的醫療需求，以增進人民健康及促進社會福祉。具體做法是鎖定未滿足的醫療需求，開展分子醫學研究和新藥開發。推廣小分子藥物、抗體藥物、核甘酸藥物及結合奈米科技藥物釋放等尖端醫學技術。細胞治療方面，則包括建置完善的品管平台，完成兩個 II~III 期臨床試驗。